صندوق نانو کارگزار مالی برنامه مرجعیت علمی معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری می‌باشد. هدف این برنامه حمایت از محققان سرآمد علمی کشور برای دست‌یابی به مرجعیت علمی و ارتقاء سطح علمی ایران در جهان، به‌صورت گرنت پژوهشی و حمایت‌های تشویقی است.

صندوق نانو کارگزار مالی برنامه توسعه صادرات فناورانه معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری می‌باشد. هدف این برنامه به‌کارگیری کلیه امکانات مالی و خدمات مورد نیاز در راستای توسعه و تقویت «صادرات محصولات، تجهیزات و مواد فناورانه ساخت ایران» است.

صندوق نانو با همکاری ستاد ویژه توسعه فناوری نانو، کارگزار مالی معاونت علمی و فناوری در حمایت مالی از ترویج، آموزش و پشتیبانی از فرایند ثبت پتنت بین‌المللی بوده و بخشی از هزینه‌های نگارش متن اختراع (Draft)، فایلینگ، ویرایش وکیل خارجی، ثبت و اشتراک بانک پتنت بین‌المللی را به‌صورت بلاعوض یا قرض‌الحسنه تأمین می‌نماید.

صندوق نانو کارگزار مالی صندوق نوآوری و شکوفایی در زمینه ارزیابی و نظارت طرح¬ها است. شرکت‌های دانش-بنیان که قصد دریافت تسهیلات از صندوق نوآوری و شکوفایی را دارند، با مراجعه به آن‌ها و تکمیل کاربرگ های لازم، مورد بررسی و ارزیابی قرار گرفته و صورت تائید طرح و تصویب طرح، بسته به میزان پیشرفت طرح مصوب شده، در فواصل زمانی مشخص تسهیلات خود را دریافت می‌کنند. کارشناسان صندوق در مراحل مختلف نسبت به ارزیابی و نظارت طرح‌های یاد شده، اقدام می‌کنند.

صندوق نانو تعاملات متنوعی از زمان تشکیل خود تاکنون با ستاد ویژه توسعه فناوری نانو داشته است. تسهیلات مختلف در قالب قراردادهای خرید، جعاله، تسهیلات توسعه بازار، ثبت پتنت و ... بخشی از همکاری صندوق با ستاد نانو است.